Современная Никольская часовня - символ города Новосибирска и Новосибирской области. Она была возведена к празднованию 100-летия города.

Но когда-то на этом месте уже была часовня в честь святителя и чудотворца Николая. Она сооружалась на пожертвования верующих, начиная с 1913 года, а освящение часовни состоялось в декабре 1914 года. В 1919 году Никольская часовня получила статус самостоятельного прихода.

В ноябре 1929 года состоялось заседание Новосибирского окрисполкома, на котором было одобрено постановление горсовета о сносе часовни на Красном проспекте, и Никольскую часовню снесли. На ее месте поставили памятник рабочему, который вскоре был заменен памятником Иосифу Сталину, а после разоблачения культа личности снесли и памятник.
Длительное время на месте часовни были лишь асфальт, скамейки и газоны.

В сентябре 1991 года на месте разрушенной Никольской часовни на Красном проспекте была заложена новая.  В 2002 году Новосибирск стал центром празднования Дней славянской письменности и культуры, а торжественное открытие празднования состоялось уже у новой Никольской часовни.

В дар часовне Алексий II Патриарх Московский и всея Руси передал образ святителя Николая с дарственной надписью: «В благословение часовне Святителя и чудотворца Николая города Новосибирска, в память посещения и служения в ней в день празднования Славянской письменности 24 мая 2002 г. АЛЕКСИЙ II Патриарх Московский и всея Руси».

Проект новой Никольской часовни выполнен новосибирским архитектором Петром Чернобровцевым, а расписал часовню его отец, известный новосибирский художник-монументалист Александр Чернобровцев.